Qëllimi i komitetit ishte mbrojtja e tokave shqiptare nga rreziku i copëtimit nga shtetet fqinje.

Në këtë organizatë nacionaliste u përfshinë shqiptarë të viseve jugore të vendit nën drejtimin e Abdyl bej Frashërit.

Gjatë Krizës Lindore të viteve 70 të shekullit XIX, Komiteti i Janinës i paraqiti një memorandum Portës së Lartë në të cilin parashtronte gjendjen e rëndë të shqiptarëve dhe paraqiti kërkesën për bashkimin e të gjithë tokave shqiptare në një vilajet të vetëm.

Veprimtaria e anëtarëve të Komitetit të Janinës u përqëndrua në dy drejtime kryesore.

Organizimin e një kryengritje shqiptare kundër shtetit osman me mbështetjen e oficerëve me origjinë shqiptare që shërbenin në ushtrinë osmane.

Nga ana tjetër, drejtuesit e komitetit hynë në bisedime me përfaqësues të qeverisë greke që të lidhej një aleancë e përbashkët. Shqiptarët synonin që në aleancë me shtetin grek të arrinin formimin e shtetit të pavarur shqiptar.

Në korrik të vitit 1877, Abdyl bej Frashëri zhvilloi bisedime të fshehta në Janinë me përfaqësuesin e Ministrisë së Punëve të Jashtme të Greqisë.

Për shkak të kërkesave të tepruara të përfaqësuesit grek ndaj viseve jugore të banuara nga shqiptarë dhe kundërshtimit të idesë për formimin e shtetit të pavarur shqiptar, bisedimet dypalëshe nuk arritën asnjë përfundim.